je développe depuis quelques mois une application en ligne qui devrait permettre de combler un vide entre l'écriture des molécules et leur modèle moléculaire (le pont entre Chemsketch et Avogadro, j'ai vu que la question était évoquée dans ce forum).
L'application s'appelle scribmol, elle est hébergée par le site de la librairie de molécules.
Je vous livre ici le descriptif (trop long
) et le mode d'emploi sommaire que j'ai rédigés à l'attention de différents collègues :La librairie de molécules est un projet collaboratif national de constitution d'une banque d'outils et de données pour l'étude des structures moléculaires dans le cadre de l'enseignement des SVT (molécules biologiques, structures minérales entre autres).
Cette année de nouveaux outils ont été développés, et ils peuvent avoir des applications dans l'enseignement de la chimie. Ils sont accessibles en ligne à l'adresse suivante :
http://librairiedemolecules.education.fr/outils/scribmol/
Pour le moment 2 modules sont disponibles (et en cours de développement) : l'un pour la construction de modèles moléculaires, l'autre pour la comparaison de molécules et la communication d'observations.
- Module de construction de modèles moléculaires :
2 fenêtres d'affichage sont disponibles : l'une pour l'écriture interactive d'une formule développée, l'autre pour la construction en 3D de la molécule. Chaque action réalisée sur une des fenêtres est répercutée sur l'autre permettant ainsi de mettre en parallèle la formule développée et la structure 3D de la molécule.
Mode d'emploi : dans la fenêtre d'écriture de la formule, un clic rajoute par défaut un radical méthyle à l'atome cliqué. En survolant un atome, celui-ci devient actif. Il peut être remplacé par un autre atome en tapant sur le clavier le caractère correspondant à l'initiale de l'élément (des appuis successifs permettant de faire défiler les symboles des éléments ayant la même initiale). Chaque clic sur une liaison permet d'en augmenter l'ordre.
Dans la fenêtre de construction en 3D, un clic sur un atome le remplace par un groupement méthyle. Des boutons en haut de la fenêtre permettent de remplacer l'atome de carbone par défaut par un autre élément au choix. Un clic sur une liaison en augmente l'ordre (remarque : chaque opération déclenche un calcul d'optimisation de la géométrie des liaisons par champ de force, qui donne l'impression de vibrations sur la molécule). Au besoin les atomes peuvent être déplacés, reliés à d'autres pour former des cycles par exemple,... Il est également possible de mesurer des distances ou des angles (par un double clic sur un premier atome et un double clic sur celui par lequel on fini la mesure).
Enfin, le bouton [Charger] permet de télécharger depuis une base de données publique (possédant plus de 70 millions de modèles) des molécules à partir de leur nom (en anglais, les accents sont tolérés, les noms commerciaux de médicaments aussi)
- Module de comparaison de molécules :
Une fenêtre d'affichage en 3D est disponible. Plusieurs molécules peuvent être affichées simultanément puis déplacées respectivement. Un marquage des atomes et l'ajout de légende peut être utilisé pour repérer des fonctions remarquables et communiquer des observations.
Mode d'emploi : le menu fichier permet de charger des molécules, soit à partir d'une base locale (en cours de remplissage, les bonnes volontés peuvent se faire connaître !), soit à partir du serveur cité précédemment. Chaque molécule s'ajoute aux précédentes sur la fenêtre de visualisation. Un cliquer/glisser sur un atome permet de déplacer la molécule à laquelle il appartient. Un cliquer/glisser avec la touche Alt enfoncée permet une rotation.
Le menu outil permet à l'aide de la souris de placer des marqueurs colorés (halos) autour des atomes cliqués, ou d'ajouter des légendes. Les modèles en trop peuvent être supprimés également par un clic sur l'un de leurs atomes.
Ce projet Scribmol est en cours d'élaboration. Il est dores et déjà possible de se servir des modules proposés . L'utilisation du logiciel est libre. À terme il sera possible de le télécharger pour une utilisation en local, mais toutes les fonctions du logiciel ne pourront sans doute pas être alors disponibles.
D'autres modules sont envisagés et d'autres fonctionnalités comme la possibilité d'enregistrer le travail réalisé.
Vos remarques et suggestions sont les bienvenues pour faire avancer le projet (en particulier si vous faites l'expérience d'une utilisation en classe). Par ailleurs si vous trouvez ce projet intéressant merci de relayer l'information !
(Remarque : le site a été testé avec les navigateurs safari, firefox et Chrome ; il est possible que des dysfonctionnements se produisent avec Internet Explorer en particulier pour les versions plus anciennes)
Paul PILLOT (Professeur de SVT - Lycée Simone Veil - Valbonne)
