Bonjour,
Voici un site qui contient de très nombreuse simulations, souvent de qualité.
http://phet.colorado.edu/en/simulations/category/new
On y retrouve de nombreux domaines, qui vont du collège jusque dans le supérieur au vu des thèmes abordés. (expérience de Stern et Gerlach par exemple...)
Bref, à fouiller !
Je pense qu'il vaut mieux reposter dans les parties des niveaux concernés, les meilleures animations et celles que vous utilisez avec vos élèves.